Este sector se dedica a la fabricación de sustancias medicinales activas utilizadas en la producción de medicamentos, como antibióticos, vitaminas y ácido salicílico. En el año analizado, esta industria generó ingresos de 1,130 millones de dólares, representando aproximadamente el 4.33% de los ingresos totales del sector industrial. Entre las empresas más destacadas se encuentran:
- Andean Profarmco
- Laboratorio Siegfried
- Roche del Ecuador
